Endonezya ordusu, ayrılıkçıları hak ihlalleri yapmakla suçlarken genel olarak reddettiği GAM'ın bağımsızlık savaşı sırasında sık sık insan hakları ihlalleriyle suçlandı.
Endonezya ordusu, GAM ile daha önceki savaşları sırasında insan hakları ihlalleriyle suçlandı ve bu suçlamalar genel olarak reddedildi.