OTAR3088/CeLLaTe-ner-2class-iob_final · Datasets at Hugging Face

data_source stringclasses 4 values	tokens listlengths 5 562	tags listlengths 5 562
Single_Cell	[ "these", "differences", "might", "represent", "disease", "phenotypes", ",", "but", "could", "also", "be", "the", "consequence", "of", "cell", "line", "variability", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "it", "is", "therefore", "important", "to", "properly", "annotate", "the", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "of", "disease", "and", "control", "organoids", "to", "identify", "disease", "phenotypes", ",", "particularly", "when", "analysing", "disea...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "developed", "a", "wk", "##nn", "-", "based", "strategy", "to", "generate", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "for", "every", "cell", "in", "each", "disease", "model", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "fig", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "the", "dataset", "of", "glioblastoma", "organoids", "showed", "substantially", "lower", "similarity", "to", "their", "primary", "counterpart", "than", "the", "other", "disease", "models", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "assess", "these", "transcriptomic", "differences", ",", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "glioblastoma", "and", "matched", "control", "metac", "##ells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "focusing", "on", "the", "aqp4", "population", "(", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", ",", "we", "identified", "1", ",", "95", "##1", "degs", "in", "glioblastoma", "cells", "compared", "to", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "(", "sup...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "hnrnp", "##u", "and", "sparc", "(", "fig", ".", "5", "##l", ")", ",", "all", "of", "which", "have", "been", "reported", "to", "be", "relevant", "to", "glioblastoma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "organ", "##oid", "model", "of", "fxs", ",", "in", "which", "npcs", "and", "neurons", "in", "the", "control", "organoids", "were", "of", "non", "-", "telencephal", "ic", "identities", "whereas", "the", "disease", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_T...
Single_Cell	[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "perform", "de", "analysis", "for", "fxs", "neocortical", "neurons", "with", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", ",", "which", "identified", "44", "##4", "degs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "degs", "higher", "expressed", "in", "fxs", "cells", "(", "122", "genes", ")", "were", "enriched", "for", "autism", "-", "associated", "genes", "annotate", "d", "in", "the", "simon", "##s", "foundation", "autism", "research", "initiative", "(", "sfa", "##ri"...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "one", "such", "gene", ",", "chd", "##2", ",", "was", "reported", "in", "the", "original", "publication", "as", "a", "key", "regulator", "of", "fxs", "with", "increased", "protein", "level", ",", "but", "its", "expression", "change", "on", "messenger", "rn...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "we", "also", "detected", "decreased", "expression", "of", "fmr1", ",", "whose", "loss", "-", "of", "-", "function", "mutation", "causes", "fxs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "new", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "human", "neural", "organoids", "continue", "to", "be", "generated", ",", "and", "it", "will", "be", "important", "to", "continuously", "extend", "and", "update", "the", "hn", "##oca", "with", "this", "ex...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "therefore", "established", "a", "computational", "toolkit", "to", "project", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "demonstrate", "the", "use", "of", "the", "toolkit", "by", "incorporating", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "six", "more", "studies", "into", "the", "hn", "##oca", "(", "hn", "##oca", "-", "extended", ";", "fig", ".", "6b", "and", "sup...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "annotations", "using", "wk", "##nn", "-", "based", "label", "transfer", ",", "and", "placed", "the", "cells", "in", "the", "context", "of", "the", "existing", "organ", "##oid", "single", "-", "cell", "transcriptomic...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "mapping", "further", "datasets", "to", "the", "hn", "##oca", "using", "our", "approach", "enhances", "the", "atlas", "by", "increasing", "its", "coverage", "over", "existing", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "and", "neural", "cell", "types", "generated...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "enable", "researchers", "to", "use", "the", "hn", "##oca", "in", "their", "own", "analysis", ",", "we", "provide", "various", "options", "for", "exploration", "and", "interaction", "with", "the", "atlas", "(", "fig", ".", "6f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "hn", "##oca", "can", "be", "brow", "##se", "##d", "through", "an", "online", "portal", ",", "enabling", "visualization", "of", "gene", "expression", "and", "discovery", "of", "marker", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "also", "provide", "the", "hn", "##oca", "through", "an", "online", "interface", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "arch", "##map", ".", "bio", "/", ")", "for", "the", "interactive", "mapping", "of", "new", "datasets", ",", "enabling", "lab...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "finally", ",", "we", "have", "developed", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "a", "python", "package", "implementing", "all", "central", "analysis", "approaches", "presented", "in", "this", "paper", ",", "such", "as", "annotation", ",", "reference", "mapping",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "this", "study", ",", "we", "built", "a", "large", "-", "scale", "integrated", "cell", "atlas", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "the", "hn", "##oca", ",", "by", "integrating", "1", ".", "8", "million", "cells", "spanning", "36", "scr", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "the", "resulting", "atlas", "revealed", "the", "high", "complexity", "of", "neuronal", ",", "glial", "and", "non", "-", "neural", "cell", "types", "that", "can", "develop", "in", "neural", "organoids", "grown", "under", "existing", "protocol", "conditions", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "mapping", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "various", "human", "developing", "brain", "cell", "reference", "atlas", "##es", "allowed", "comprehensive", "evaluation", "of", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "cell", "types", "of", "dif...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "found", "that", "organoids", "in", "the", "first", "3", "months", "of", "culture", "best", "match", "to", "first", "-", "trimester", "primary", "data", ",", "whereas", "organoids", "around", "3", "months", "of", "culture", "and", "older", "best", "m...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "did", "not", "observe", "significant", "neuronal", "maturation", "and", "diversification", "signatures", "matching", "older", "developmental", "stages", ",", "suggesting", "a", "limitation", "of", "neuronal", "maturation", "in", "current", "neural", "organ", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "performed", "de", "analysis", "between", "organ", "##oid", "neuron", "types", "and", "their", "primary", "counterparts", "to", "evaluate", "transcriptomic", "fidelity", ",", "and", "identified", "metabolic", "changes", "related", "to", "the", "glyco", "lysi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "despite", "the", "negative", "effects", "of", "metabolic", "stress", "on", "overall", "transcriptomic", "fidelity", ",", "the", "molecular", "identity", "of", "regional", "cell", "types", "is", "maintained", "as", "evidenced", "by", "transcription", "factor", "co...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "show", "##case", "##d", "the", "mapping", "of", "query", "data", ",", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", ",", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "pri...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "our", "powerful", "framework", "will", "facilitate", "quantitative", "and", "comparative", "analysis", "of", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "and", "for", "the", "benchmark", "##ing", "of", "new", "neural", "organ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "consistent", "with", "earlier", "reports", ",", "we", "find", "that", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "generate", "neural", "cells", "with", "high", "brain", "regional", "variability", ",", "which", "is", "useful", "when", "studying", "broader", "fate", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "guided", "protocols", "resulted", "in", "a", "strong", "enrichment", "of", "the", "targeted", "brain", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "also", "note", "that", "some", "guided", "protocols", ",", "particularly", "those", "targeting", "midbrain", ",", "show", "relatively", "low", "specificity", "and", "generate", "neural", "cells", "from", "the", "nearby", "brain", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "this", "issue", "may", "be", "due", "to", "a", "differential", "response", "of", "neural", "stem", "cells", "in", "the", "organ", "##oid", "to", "the", "same", "morph", "##ogen", "cue", ",", "or", "to", "the", "lack", "of", "a", "full", "understanding",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
Single_Cell	[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "is", "also", "an", "excellent", "resource", "for", "analysis", "of", "disease", "-", "modelling", "neural", "organ", "##oid", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "it", "facilitates", "cell", "type", "annotation", "and", "provides", "a", "large", "control", "cohort", "of", "single", "-", "cell", "transcriptomes", "for", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "example", ",", "we", "observed", "discrepancy", "of", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "between", "control", "and", "disease", "model", "samples", "in", "many", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "at", "the", "same", "time", ",", "the", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "identify", "disease-specific", "molecular", "features", "against", "a", "multi", "-", "line", "multi", "-", "protocol", "large", "-", "scale", "control", "cohort",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "demonstrate", "how", "the", "hn", "##oca", "can", "be", "extended", "and", "updated", "by", "projecting", "extra", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "of", "neural", "organoids", "to", "the", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "further", ",", "we", "have", "developed", "a", "computational", "toolkit", ",", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "which", "will", "enable", "other", "researchers", "to", "recapitulate", "the", "analytic", "framework", "applied", "in", "our", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "together", ",", "we", "imagine", "that", "the", "hn", "##oca", "will", "be", "kept", "up", "to", "date", "and", "continue", "to", "reflect", "the", "landscape", "of", "human", "neural", "cell", "states", "generated", "in", "organoids", "in", "vitro", ",",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "we", "included", "33", "human", "neural", "organ", "##oid", "data", "from", "a", "total", "of", "25", "publications", "plus", "three", "unpublished", "datasets", "in", "our", "atlas", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "curate", "d", "all", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "used", "in", "this", "study", "through", "the", "sfa", "##ira", "framework", "(", "github", "dev", "branch", ",", "18", "april", "202", "##3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "this", ",", "we", "obtained", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "from", "the", "location", "provided", "in", "the", "data", "availability", "section", "for", "every", "included", "publication", "or", "dire...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "harmon", "##ized", "metadata", "according", "to", "the", "sfa", "##ira", "standards", "(", "https", ":", "/", "/", "sfa", "##ira", ".", "read", "##the", "##do", "##cs", ".", "io", "/", "en", "/", "latest", "/", "adding", "_", "datasets", ".", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "we", "next", "removed", "any", "non", "-", "applicable", "subsets", "of", "the", "published", "datasets", ":", "diseased", "samples", "or", "samples", "expressing", "disease-associated", "mutations", "(", "refs", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "primary", "fetal", "data", "(", "refs", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "data", "collected", "before", "neural", "induction", "(", "refs", ".", ")" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "and", "share", "-", "seq", "data", "(", "ref", ".", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "harmon", "##ized", "all", "remaining", "datasets", "to", "a", "common", "feature", "space", "using", "any", "genes", "of", "the", "biot", "##yp", "##e", "‘", "protein", "_", "coding", "’", "or", "‘", "lncrna", "’", "from", "ensembl", "release", "1...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "on", "average", ",", "50", "%", "of", "the", "full", "gene", "space", "(", "36", ",", "84", "##2", "genes", ")", "was", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "concatenated", "all", "remaining", "datasets", "to", "create", "a", "single", "ann", "##da", "##ta", "object", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "all", "processing", "and", "analyses", "were", "carried", "out", "using", "scan", "##py", "(", "v", ".", "1", ".", "9", ".", "3", ")", "unless", "indicated", "otherwise", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "quality", "control", "and", "filtering", "of", "hn", "##oca", ",", "we", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "next", "removed", "outlier", "cells", "in", "terms", "of", "two", "quality", "control", "metrics", ":", "the", "number", "of", "expressed", "genes", "and", "percentage", "mitochondrial", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "define", "outlier", "cells", "on", "the", "basis", "of", "each", "quality", "control", "metric", ",", "z", "-", "transformation", "is", "first", "applied", "to", "values", "across", "all", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "cells", "with", "any", "z", "-", "transformed", "metric", "less", "than", "−1", ".", "96", "or", "greater", "than", "1", ".", "96", "are", "defined", "as", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "any", "dataset", "collected", "using", "the", "v", ".", "3", "chemistry", "by", "10x", "genomics", ",", "which", "contains", "more", "than", "500", "cells", "after", "the", "filtering", ",", "we", "fitted", "a", "gaussian", "distribution", "to", "t...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "if", "a", "bimodal", "distribution", "was", "detected", ",", "we", "removed", "any", "cell", "with", "fewer", "genes", "expressed", "than", "defined", "by", "the", "valley", "between", "the", "two", "maxima", "of", "the", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "normalized", "the", "raw", "read", "counts", "for", "all", "smart", "-", "seq", "##2", "data", "by", "dividing", "it", "by", "the", "maximum", "gene", "length", "for", "each", "gene", "obtained", "from", "biom", "##art", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "next", "multiplied", "these", "normalized", "read", "counts", "by", "the", "median", "gene", "length", "across", "all", "genes", "in", "the", "datasets", "and", "treated", "those", "length", "-", "normalized", "counts", "equivalent", "##ly", "to", "raw"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "as", "a", "next", "step", "we", "generated", "a", "log", "-", "normalized", "expression", "matrix", "by", "first", "dividing", "the", "counts", "for", "each", "cell", "by", "the", "total", "counts", "in", "that", "cell", "and", "multiplying", "by", "a", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "we", "computed", "3", ",", "000", "highly", "variable", "features", "in", "a", "batch", "-", "aware", "manner", "using", "the", "scan", "##py", "highly", "_", "variable", "_", "genes", "function", "(", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "_", "v...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "here", ",", "bio", "_", "sample", "represents", "biological", "samples", "as", "provided", "in", "the", "original", "metadata", "of", "the", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "on", "average", ",", "72", "%", "of", "the", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "were", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "hn", "##oca", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "these", "3", ",", "000", "features", "to", "compute", "a", "50", "-", "dimensional", "representation", "of", "the", "data", "using", "principal", "component", "analysis", "(", "pca", ")", ",", "which", "in", "turn", "we", "used", "to", "co...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "using", "the", "neighbour", "graph", "we", "computed", "a", "two", "-", "dimensional", "representation", "of", "the", "data", "using", "um", "##ap", "and", "a", "coarse", "(", "resolution", "1", ")", "and", "fine", "(", "resolution", "80", ")", "clusterin...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "snaps", "##eed", "is", "a", "scalable", "auto", "-", "annotation", "strategy", ",", "which", "annotate", "s", "cells", "on", "the", "basis", "of", "a", "provided", "hierarchy", "of", "cell", "types", "and", "the", "corresponding", "cell", "type", "markers",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "it", "is", "based", "on", "enrichment", "of", "marker", "gene", "expression", "in", "cell", "clusters", "(", "high", "-", "resolution", "clustering", "is", "preferred", ")", ",", "and", "data", "integration", "is", "not", "necessarily", "required", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "this", "study", ",", "we", "used", "snaps", "##eed", "to", "obtain", "initial", "annotations", "for", "label", "-", "aware", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "first", ",", "we", "constructed", "a", "hierarchy", "of", "cell", "types", "including", "progenitor", ",", "neuron", "and", "non", "-", "neural", "types", ",", "each", "defined", "by", "a", "set", "of", "marker", "genes", "(", "supplementary", "data", "1"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "we", "represented", "the", "data", "by", "the", "rss", "to", "average", "expression", "profiles", "of", "cell", "clusters", "in", "the", "recently", "published", "human", "developing", "brain", "cell", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "constructed", "a", "kn", "##n", "graph", "(", "k", "=", "30", ")", "in", "the", "rss", "space", "and", "clustered", "the", "dataset", "using", "the", "lei", "##den", "algorithm", "(", "resolution", "80", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "both", "steps", ",", "we", "used", "the", "graphical", "processing", "unit", "(", "gp", "##u", ")", "-", "accelerated", "rapid", "##s", "implementation", "that", "is", "provided", "through", "scan", "##py", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "all", "cell", "type", "marker", "genes", "on", "a", "given", "level", "in", "the", "hierarchy", ",", "we", "computed", "the", "area", "under", "the", "receiver", "operating", "characteristic", "curve", "(", "aur", "##oc", ")", "as", "well", "as", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "each", "cell", "type", ",", "a", "score", "was", "computed", "by", "multiplying", "the", "maximum", "aur", "##oc", "with", "the", "maximum", "detection", "rate", "among", "its", "marker", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "each", "cluster", "was", "then", "assigned", "to", "the", "cell", "type", "with", "the", "highest", "score", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "this", "procedure", "was", "performed", "recurs", "##ively", "for", "all", "levels", "of", "the", "hierarchy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "same", "procedure", "was", "carried", "out", "using", "the", "fine", "(", "resolution", "80", ")", "clustering", "of", "the", "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "data", "to", "obtain", "cell", "type", "labels", "for", "the", "unint", "##eg", "##ra",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "this", "auto", "-", "annotation", "strategy", "was", "implemented", "in", "the", "snaps", "##eed", "python", "package", "and", "is", "available", "on", "github", "(", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "dev", "##sy", "##stem", "##s", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "snaps", "##eed", "is", "a", "light", "-", "weight", "package", "to", "enable", "scalable", "marker", "-", "based", "annotation", "for", "atlas", "-", "level", "datasets", "in", "which", "manual", "annotation", "is", "not", "readily", "feasible", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "package", "implement", "##s", "three", "main", "functions", ":", "annotate", "(", ")", "for", "non", "-", "hierarchical", "annotation", "of", "a", "list", "of", "cell", "types", "with", "defined", "marker", "genes", ",", "annotate", "_", "hierarchy",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "all", "functions", "are", "based", "on", "a", "gp", "##u", "-", "accelerated", "implementation", "of", "aur", "##oc", "scores", "using", "ja", "##x", "(", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "google", "/", "ja", "##x", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "performed", "integration", "of", "the", "organ", "##oid", "datasets", "for", "hn", "##oca", "using", "the", "scp", "##oli", "model", "from", "the", "scarc", "##hes", "package", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "defined", "the", "batch", "covariate", "for", "integration", "as", "a", "concaten", "##ation", "of", "the", "dataset", "identifier", "(", "annotation", "column", "‘", "id", "’", ")", ",", "the", "annotation", "of", "biological", "replicates", "(", "an...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "this", "resulted", "in", "396", "individual", "batches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "batch", "covariate", "is", "represented", "in", "the", "model", "as", "a", "learned", "vector", "of", "size", "five", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "the", "top", "three", "levels", "of", "the", "rss", "-", "based", "snaps", "##eed", "cell", "type", "annotation", "as", "the", "cell", "type", "label", "input", "for", "the", "scp", "##oli", "prototype", "loss", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "chose", "the", "hidden", "layer", "size", "of", "the", "one", "-", "layer", "scp", "##oli", "encode", "##r", "and", "dec", "##ode", "##r", "as", "1", ",", "024", ",", "and", "the", "latent", "embedding", "dimension", "as", "ten", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "a", "value", "of", "100", "for", "the", "‘", "alpha", "_", "epoch", "_", "anneal", "’", "parameter", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "did", "not", "use", "the", "unlabelled", "prototype", "pret", "##ra", "##ining", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "trained", "the", "model", "for", "a", "total", "of", "seven", "epochs", ",", "five", "of", "which", "were", "pret", "##ra", "##ining", "epochs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "quantitatively", "compare", "the", "organ", "##oid", "atlas", "integration", "results", "from", "several", "tools", ",", "we", "used", "the", "gp", "##u", "-", "accelerated", "sci", "##b", "-", "metrics", "python", "package", "(", "v", ".", "0", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "we", "compared", "the", "data", "integration", "performance", "across", "the", "following", "latent", "representations", "of", "the", "data", ":" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "pca", ",", "rss", "integration", ",", "sc", "##vi", "(", "default", "parameters", "except", "for", "using", "two", "layers", ",", "latent", "space", "of", "size", "30", "and", "negative", "binomial", "likelihood", ")", "i...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "scp", "##oli", "integration", "##s", "of", "metac", "##ells", "aggregated", "with", "the", "aggrec", "##ell", "algorithm", "(", "first", "used", "as", "‘", "pseudo", "##cell", "’", ")", "using", "either", "snaps", "##eed", "level", "1", "or", "3", "annota...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "the", "following", "scores", "for", "determining", "integration", "quality", "(", "each", "described", "in", "ref", ".", ")", ":" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "lei", "##den", "normalized", "mutual", "information", "score", ",", "lei", "##den", "adjusted", "rand", "index", ",", "average", "sil", "##hou", "##ette", "width", "per", "cell", "type", "label", ",", "isolated", "label", "score", "(", "average", "sil", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "quantify", "batch", "-", "effect", "removal", ",", "we", "used", "average", "sil", "##hou", "##ette", "width", "per", "batch", "label", ",", "integration", "local", "inverse", "simpson", "’", "s", "index", ",", "kn", "##n", "batch", "-", "effect", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "integration", "approaches", "were", "then", "ranked", "by", "an", "aggregate", "total", "score", "of", "individually", "normalized", "(", "into", "the", "range", "of", ")", "metrics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "differences", "might", "represent", "disease", "phenotypes", ",", "but", "could", "also", "be", "the", "consequence", "of", "cell", "line", "variability", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "it", "is", "therefore", "important", "to", "properly", "annotate", "the", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "of", "disease", "and", "control", "organoids", "to", "identify", "disease", "phenotypes", ",", "particularly", "when", "analysing", "disea...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "developed", "a", "wk", "##nn", "-", "based", "strategy", "to", "generate", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "for", "every", "cell", "in", "each", "disease", "model", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "fig", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "the", "dataset", "of", "glioblastoma", "organoids", "showed", "substantially", "lower", "similarity", "to", "their", "primary", "counterpart", "than", "the", "other", "disease", "models", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "assess", "these", "transcriptomic", "differences", ",", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "glioblastoma", "and", "matched", "control", "metac", "##ells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "focusing", "on", "the", "aqp4", "population", "(", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", ",", "we", "identified", "1", ",", "95", "##1", "degs", "in", "glioblastoma", "cells", "compared", "to", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "(", "sup...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "hnrnp", "##u", "and", "sparc", "(", "fig", ".", "5", "##l", ")", ",", "all", "of", "which", "have", "been", "reported", "to", "be", "relevant", "to", "glioblastoma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "organ", "##oid", "model", "of", "fxs", ",", "in", "which", "npcs", "and", "neurons", "in", "the", "control", "organoids", "were", "of", "non", "-", "telencephal", "ic", "identities", "whereas", "the", "disease", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_T...

Single_Cell

[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "perform", "de", "analysis", "for", "fxs", "neocortical", "neurons", "with", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", ",", "which", "identified", "44", "##4", "degs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "degs", "higher", "expressed", "in", "fxs", "cells", "(", "122", "genes", ")", "were", "enriched", "for", "autism", "-", "associated", "genes", "annotate", "d", "in", "the", "simon", "##s", "foundation", "autism", "research", "initiative", "(", "sfa", "##ri"...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "one", "such", "gene", ",", "chd", "##2", ",", "was", "reported", "in", "the", "original", "publication", "as", "a", "key", "regulator", "of", "fxs", "with", "increased", "protein", "level", ",", "but", "its", "expression", "change", "on", "messenger", "rn...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "we", "also", "detected", "decreased", "expression", "of", "fmr1", ",", "whose", "loss", "-", "of", "-", "function", "mutation", "causes", "fxs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "new", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "human", "neural", "organoids", "continue", "to", "be", "generated", ",", "and", "it", "will", "be", "important", "to", "continuously", "extend", "and", "update", "the", "hn", "##oca", "with", "this", "ex...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "therefore", "established", "a", "computational", "toolkit", "to", "project", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "demonstrate", "the", "use", "of", "the", "toolkit", "by", "incorporating", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "six", "more", "studies", "into", "the", "hn", "##oca", "(", "hn", "##oca", "-", "extended", ";", "fig", ".", "6b", "and", "sup...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "annotations", "using", "wk", "##nn", "-", "based", "label", "transfer", ",", "and", "placed", "the", "cells", "in", "the", "context", "of", "the", "existing", "organ", "##oid", "single", "-", "cell", "transcriptomic...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "mapping", "further", "datasets", "to", "the", "hn", "##oca", "using", "our", "approach", "enhances", "the", "atlas", "by", "increasing", "its", "coverage", "over", "existing", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "and", "neural", "cell", "types", "generated...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "enable", "researchers", "to", "use", "the", "hn", "##oca", "in", "their", "own", "analysis", ",", "we", "provide", "various", "options", "for", "exploration", "and", "interaction", "with", "the", "atlas", "(", "fig", ".", "6f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "hn", "##oca", "can", "be", "brow", "##se", "##d", "through", "an", "online", "portal", ",", "enabling", "visualization", "of", "gene", "expression", "and", "discovery", "of", "marker", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "also", "provide", "the", "hn", "##oca", "through", "an", "online", "interface", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "arch", "##map", ".", "bio", "/", ")", "for", "the", "interactive", "mapping", "of", "new", "datasets", ",", "enabling", "lab...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "finally", ",", "we", "have", "developed", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "a", "python", "package", "implementing", "all", "central", "analysis", "approaches", "presented", "in", "this", "paper", ",", "such", "as", "annotation", ",", "reference", "mapping",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "this", "study", ",", "we", "built", "a", "large", "-", "scale", "integrated", "cell", "atlas", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "the", "hn", "##oca", ",", "by", "integrating", "1", ".", "8", "million", "cells", "spanning", "36", "scr", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "the", "resulting", "atlas", "revealed", "the", "high", "complexity", "of", "neuronal", ",", "glial", "and", "non", "-", "neural", "cell", "types", "that", "can", "develop", "in", "neural", "organoids", "grown", "under", "existing", "protocol", "conditions", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "mapping", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "various", "human", "developing", "brain", "cell", "reference", "atlas", "##es", "allowed", "comprehensive", "evaluation", "of", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "cell", "types", "of", "dif...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "found", "that", "organoids", "in", "the", "first", "3", "months", "of", "culture", "best", "match", "to", "first", "-", "trimester", "primary", "data", ",", "whereas", "organoids", "around", "3", "months", "of", "culture", "and", "older", "best", "m...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "did", "not", "observe", "significant", "neuronal", "maturation", "and", "diversification", "signatures", "matching", "older", "developmental", "stages", ",", "suggesting", "a", "limitation", "of", "neuronal", "maturation", "in", "current", "neural", "organ", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "performed", "de", "analysis", "between", "organ", "##oid", "neuron", "types", "and", "their", "primary", "counterparts", "to", "evaluate", "transcriptomic", "fidelity", ",", "and", "identified", "metabolic", "changes", "related", "to", "the", "glyco", "lysi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "despite", "the", "negative", "effects", "of", "metabolic", "stress", "on", "overall", "transcriptomic", "fidelity", ",", "the", "molecular", "identity", "of", "regional", "cell", "types", "is", "maintained", "as", "evidenced", "by", "transcription", "factor", "co...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "show", "##case", "##d", "the", "mapping", "of", "query", "data", ",", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", ",", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "pri...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "our", "powerful", "framework", "will", "facilitate", "quantitative", "and", "comparative", "analysis", "of", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "and", "for", "the", "benchmark", "##ing", "of", "new", "neural", "organ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "consistent", "with", "earlier", "reports", ",", "we", "find", "that", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "generate", "neural", "cells", "with", "high", "brain", "regional", "variability", ",", "which", "is", "useful", "when", "studying", "broader", "fate", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "guided", "protocols", "resulted", "in", "a", "strong", "enrichment", "of", "the", "targeted", "brain", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "also", "note", "that", "some", "guided", "protocols", ",", "particularly", "those", "targeting", "midbrain", ",", "show", "relatively", "low", "specificity", "and", "generate", "neural", "cells", "from", "the", "nearby", "brain", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "this", "issue", "may", "be", "due", "to", "a", "differential", "response", "of", "neural", "stem", "cells", "in", "the", "organ", "##oid", "to", "the", "same", "morph", "##ogen", "cue", ",", "or", "to", "the", "lack", "of", "a", "full", "understanding",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

Single_Cell

[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "is", "also", "an", "excellent", "resource", "for", "analysis", "of", "disease", "-", "modelling", "neural", "organ", "##oid", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "it", "facilitates", "cell", "type", "annotation", "and", "provides", "a", "large", "control", "cohort", "of", "single", "-", "cell", "transcriptomes", "for", "comparison", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "example", ",", "we", "observed", "discrepancy", "of", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "between", "control", "and", "disease", "model", "samples", "in", "many", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "at", "the", "same", "time", ",", "the", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "identify", "disease-specific", "molecular", "features", "against", "a", "multi", "-", "line", "multi", "-", "protocol", "large", "-", "scale", "control", "cohort",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "demonstrate", "how", "the", "hn", "##oca", "can", "be", "extended", "and", "updated", "by", "projecting", "extra", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "of", "neural", "organoids", "to", "the", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "further", ",", "we", "have", "developed", "a", "computational", "toolkit", ",", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "which", "will", "enable", "other", "researchers", "to", "recapitulate", "the", "analytic", "framework", "applied", "in", "our", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "together", ",", "we", "imagine", "that", "the", "hn", "##oca", "will", "be", "kept", "up", "to", "date", "and", "continue", "to", "reflect", "the", "landscape", "of", "human", "neural", "cell", "states", "generated", "in", "organoids", "in", "vitro", ",",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "we", "included", "33", "human", "neural", "organ", "##oid", "data", "from", "a", "total", "of", "25", "publications", "plus", "three", "unpublished", "datasets", "in", "our", "atlas", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "curate", "d", "all", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "used", "in", "this", "study", "through", "the", "sfa", "##ira", "framework", "(", "github", "dev", "branch", ",", "18", "april", "202", "##3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "this", ",", "we", "obtained", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "from", "the", "location", "provided", "in", "the", "data", "availability", "section", "for", "every", "included", "publication", "or", "dire...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "harmon", "##ized", "metadata", "according", "to", "the", "sfa", "##ira", "standards", "(", "https", ":", "/", "/", "sfa", "##ira", ".", "read", "##the", "##do", "##cs", ".", "io", "/", "en", "/", "latest", "/", "adding", "_", "datasets", ".", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "we", "next", "removed", "any", "non", "-", "applicable", "subsets", "of", "the", "published", "datasets", ":", "diseased", "samples", "or", "samples", "expressing", "disease-associated", "mutations", "(", "refs", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "primary", "fetal", "data", "(", "refs", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "data", "collected", "before", "neural", "induction", "(", "refs", ".", ")" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "and", "share", "-", "seq", "data", "(", "ref", ".", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "harmon", "##ized", "all", "remaining", "datasets", "to", "a", "common", "feature", "space", "using", "any", "genes", "of", "the", "biot", "##yp", "##e", "‘", "protein", "_", "coding", "’", "or", "‘", "lncrna", "’", "from", "ensembl", "release", "1...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "on", "average", ",", "50", "%", "of", "the", "full", "gene", "space", "(", "36", ",", "84", "##2", "genes", ")", "was", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "concatenated", "all", "remaining", "datasets", "to", "create", "a", "single", "ann", "##da", "##ta", "object", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "all", "processing", "and", "analyses", "were", "carried", "out", "using", "scan", "##py", "(", "v", ".", "1", ".", "9", ".", "3", ")", "unless", "indicated", "otherwise", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "quality", "control", "and", "filtering", "of", "hn", "##oca", ",", "we", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "next", "removed", "outlier", "cells", "in", "terms", "of", "two", "quality", "control", "metrics", ":", "the", "number", "of", "expressed", "genes", "and", "percentage", "mitochondrial", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "define", "outlier", "cells", "on", "the", "basis", "of", "each", "quality", "control", "metric", ",", "z", "-", "transformation", "is", "first", "applied", "to", "values", "across", "all", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "cells", "with", "any", "z", "-", "transformed", "metric", "less", "than", "−1", ".", "96", "or", "greater", "than", "1", ".", "96", "are", "defined", "as", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "any", "dataset", "collected", "using", "the", "v", ".", "3", "chemistry", "by", "10x", "genomics", ",", "which", "contains", "more", "than", "500", "cells", "after", "the", "filtering", ",", "we", "fitted", "a", "gaussian", "distribution", "to", "t...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "if", "a", "bimodal", "distribution", "was", "detected", ",", "we", "removed", "any", "cell", "with", "fewer", "genes", "expressed", "than", "defined", "by", "the", "valley", "between", "the", "two", "maxima", "of", "the", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "normalized", "the", "raw", "read", "counts", "for", "all", "smart", "-", "seq", "##2", "data", "by", "dividing", "it", "by", "the", "maximum", "gene", "length", "for", "each", "gene", "obtained", "from", "biom", "##art", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "next", "multiplied", "these", "normalized", "read", "counts", "by", "the", "median", "gene", "length", "across", "all", "genes", "in", "the", "datasets", "and", "treated", "those", "length", "-", "normalized", "counts", "equivalent", "##ly", "to", "raw"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "as", "a", "next", "step", "we", "generated", "a", "log", "-", "normalized", "expression", "matrix", "by", "first", "dividing", "the", "counts", "for", "each", "cell", "by", "the", "total", "counts", "in", "that", "cell", "and", "multiplying", "by", "a", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "we", "computed", "3", ",", "000", "highly", "variable", "features", "in", "a", "batch", "-", "aware", "manner", "using", "the", "scan", "##py", "highly", "_", "variable", "_", "genes", "function", "(", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "_", "v...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "here", ",", "bio", "_", "sample", "represents", "biological", "samples", "as", "provided", "in", "the", "original", "metadata", "of", "the", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "on", "average", ",", "72", "%", "of", "the", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "were", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "hn", "##oca", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "these", "3", ",", "000", "features", "to", "compute", "a", "50", "-", "dimensional", "representation", "of", "the", "data", "using", "principal", "component", "analysis", "(", "pca", ")", ",", "which", "in", "turn", "we", "used", "to", "co...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "using", "the", "neighbour", "graph", "we", "computed", "a", "two", "-", "dimensional", "representation", "of", "the", "data", "using", "um", "##ap", "and", "a", "coarse", "(", "resolution", "1", ")", "and", "fine", "(", "resolution", "80", ")", "clusterin...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "snaps", "##eed", "is", "a", "scalable", "auto", "-", "annotation", "strategy", ",", "which", "annotate", "s", "cells", "on", "the", "basis", "of", "a", "provided", "hierarchy", "of", "cell", "types", "and", "the", "corresponding", "cell", "type", "markers",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "it", "is", "based", "on", "enrichment", "of", "marker", "gene", "expression", "in", "cell", "clusters", "(", "high", "-", "resolution", "clustering", "is", "preferred", ")", ",", "and", "data", "integration", "is", "not", "necessarily", "required", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "this", "study", ",", "we", "used", "snaps", "##eed", "to", "obtain", "initial", "annotations", "for", "label", "-", "aware", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "first", ",", "we", "constructed", "a", "hierarchy", "of", "cell", "types", "including", "progenitor", ",", "neuron", "and", "non", "-", "neural", "types", ",", "each", "defined", "by", "a", "set", "of", "marker", "genes", "(", "supplementary", "data", "1"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "we", "represented", "the", "data", "by", "the", "rss", "to", "average", "expression", "profiles", "of", "cell", "clusters", "in", "the", "recently", "published", "human", "developing", "brain", "cell", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "constructed", "a", "kn", "##n", "graph", "(", "k", "=", "30", ")", "in", "the", "rss", "space", "and", "clustered", "the", "dataset", "using", "the", "lei", "##den", "algorithm", "(", "resolution", "80", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "both", "steps", ",", "we", "used", "the", "graphical", "processing", "unit", "(", "gp", "##u", ")", "-", "accelerated", "rapid", "##s", "implementation", "that", "is", "provided", "through", "scan", "##py", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "all", "cell", "type", "marker", "genes", "on", "a", "given", "level", "in", "the", "hierarchy", ",", "we", "computed", "the", "area", "under", "the", "receiver", "operating", "characteristic", "curve", "(", "aur", "##oc", ")", "as", "well", "as", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "each", "cell", "type", ",", "a", "score", "was", "computed", "by", "multiplying", "the", "maximum", "aur", "##oc", "with", "the", "maximum", "detection", "rate", "among", "its", "marker", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "each", "cluster", "was", "then", "assigned", "to", "the", "cell", "type", "with", "the", "highest", "score", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "this", "procedure", "was", "performed", "recurs", "##ively", "for", "all", "levels", "of", "the", "hierarchy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "same", "procedure", "was", "carried", "out", "using", "the", "fine", "(", "resolution", "80", ")", "clustering", "of", "the", "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "data", "to", "obtain", "cell", "type", "labels", "for", "the", "unint", "##eg", "##ra",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "this", "auto", "-", "annotation", "strategy", "was", "implemented", "in", "the", "snaps", "##eed", "python", "package", "and", "is", "available", "on", "github", "(", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "dev", "##sy", "##stem", "##s", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "snaps", "##eed", "is", "a", "light", "-", "weight", "package", "to", "enable", "scalable", "marker", "-", "based", "annotation", "for", "atlas", "-", "level", "datasets", "in", "which", "manual", "annotation", "is", "not", "readily", "feasible", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "package", "implement", "##s", "three", "main", "functions", ":", "annotate", "(", ")", "for", "non", "-", "hierarchical", "annotation", "of", "a", "list", "of", "cell", "types", "with", "defined", "marker", "genes", ",", "annotate", "_", "hierarchy",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "all", "functions", "are", "based", "on", "a", "gp", "##u", "-", "accelerated", "implementation", "of", "aur", "##oc", "scores", "using", "ja", "##x", "(", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "google", "/", "ja", "##x", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "performed", "integration", "of", "the", "organ", "##oid", "datasets", "for", "hn", "##oca", "using", "the", "scp", "##oli", "model", "from", "the", "scarc", "##hes", "package", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "defined", "the", "batch", "covariate", "for", "integration", "as", "a", "concaten", "##ation", "of", "the", "dataset", "identifier", "(", "annotation", "column", "‘", "id", "’", ")", ",", "the", "annotation", "of", "biological", "replicates", "(", "an...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "this", "resulted", "in", "396", "individual", "batches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "batch", "covariate", "is", "represented", "in", "the", "model", "as", "a", "learned", "vector", "of", "size", "five", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "the", "top", "three", "levels", "of", "the", "rss", "-", "based", "snaps", "##eed", "cell", "type", "annotation", "as", "the", "cell", "type", "label", "input", "for", "the", "scp", "##oli", "prototype", "loss", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "chose", "the", "hidden", "layer", "size", "of", "the", "one", "-", "layer", "scp", "##oli", "encode", "##r", "and", "dec", "##ode", "##r", "as", "1", ",", "024", ",", "and", "the", "latent", "embedding", "dimension", "as", "ten", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "a", "value", "of", "100", "for", "the", "‘", "alpha", "_", "epoch", "_", "anneal", "’", "parameter", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "did", "not", "use", "the", "unlabelled", "prototype", "pret", "##ra", "##ining", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "trained", "the", "model", "for", "a", "total", "of", "seven", "epochs", ",", "five", "of", "which", "were", "pret", "##ra", "##ining", "epochs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "quantitatively", "compare", "the", "organ", "##oid", "atlas", "integration", "results", "from", "several", "tools", ",", "we", "used", "the", "gp", "##u", "-", "accelerated", "sci", "##b", "-", "metrics", "python", "package", "(", "v", ".", "0", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "we", "compared", "the", "data", "integration", "performance", "across", "the", "following", "latent", "representations", "of", "the", "data", ":" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "pca", ",", "rss", "integration", ",", "sc", "##vi", "(", "default", "parameters", "except", "for", "using", "two", "layers", ",", "latent", "space", "of", "size", "30", "and", "negative", "binomial", "likelihood", ")", "i...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "scp", "##oli", "integration", "##s", "of", "metac", "##ells", "aggregated", "with", "the", "aggrec", "##ell", "algorithm", "(", "first", "used", "as", "‘", "pseudo", "##cell", "’", ")", "using", "either", "snaps", "##eed", "level", "1", "or", "3", "annota...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "the", "following", "scores", "for", "determining", "integration", "quality", "(", "each", "described", "in", "ref", ".", ")", ":" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "lei", "##den", "normalized", "mutual", "information", "score", ",", "lei", "##den", "adjusted", "rand", "index", ",", "average", "sil", "##hou", "##ette", "width", "per", "cell", "type", "label", ",", "isolated", "label", "score", "(", "average", "sil", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "quantify", "batch", "-", "effect", "removal", ",", "we", "used", "average", "sil", "##hou", "##ette", "width", "per", "batch", "label", ",", "integration", "local", "inverse", "simpson", "’", "s", "index", ",", "kn", "##n", "batch", "-", "effect", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "integration", "approaches", "were", "then", "ranked", "by", "an", "aggregate", "total", "score", "of", "individually", "normalized", "(", "into", "the", "range", "of", ")", "metrics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]